员工领取年金时，其应纳税款由其年金管理机构负责代扣代缴。具体流程为受托人代表委托人委托账户管理人计算，并由托管人进行核计并代扣代缴。文件依据是《中华人民共和国个人所得税法（2018修正）》《关于个人所得税法修改后有关优惠政策衔接问题的通知》（财税〔2018〕164号）、《关于企业年金职业年金个人所得税有关问题的通知》（财税〔2013〕103号）和《关于企业年金业务操作有关问题的通知》（人社监司便函〔2013〕85号）。